CT-Based Timeline for Closure of Sphenoid Body Synchondroses and Foramina in Children
Dashboard
Data collection tracking · Biomedical sciences thesis
Timeline
Début du PhD
Comité de suivi individuel — Année 1
Validation protocole Light Sheet (iDISCO+)
Conception système de stimulation ex vivo
Comité de suivi individuel — Année 2
Screening scoping review (Rayyan)
Today
Fin acquisition données humaines
Soumission Article 1 (biologie/biomécanique)
Fin culture ex vivo
Soumission Article 2 (atlas humain)
Analyse complète Light Sheet
Comité de suivi individuel — Année 3
Dépôt manuscrit
Soutenance de thèse
Début du PhD Milestone
Committee Comité de suivi individuel — Année 1
Validation protocole Light Sheet (iDISCO+) Experiment
Experiment Conception système de stimulation ex vivo
Comité de suivi individuel — Année 2 Committee
Milestone Screening scoping review (Rayyan)
Fin acquisition données humaines Experiment
Publication Soumission Article 1 (biologie/biomécanique)
Fin culture ex vivo Experiment
Publication Soumission Article 2 (atlas humain)
Analyse complète Light Sheet Experiment
Committee Comité de suivi individuel — Année 3
Dépôt manuscrit Milestone
Milestone Soutenance de thèse
Today
Literature Radar
9 Articles
9 Unread
3 Base du crâne / synchondroses
3 Achondroplasie craniofaciale
3 FGFR3 × plaque de croissance
Fetched 14 avr. 2026
Base du crâne / synchondroses 3
Achondroplasie craniofaciale 3
Dkk1 inhibition restores mandibular growth in an achondroplasia mouse model
Orthodontic and Maxillofacial Surgery Treatment in Achondroplasia for Orofacial Alterations: A Systematic Review
Three-dimensional craniofacial imaging in children with achondroplasia treated with vosoritide
FGFR3 × plaque de croissance 3
Excess FGFR3 signaling in achondroplasia disrupts turnover of resting zone chondrocytes via CREB signaling
Spatiotemporal Regulation and Lineage Specification in Embryonic Endochondral Ossification
Early determination of the dorsal-ventral axis in endochondral ossification in mice
Source: PubMed
Live Experiments
0 Total
0 In progress
0 Completed
Last sync never
No experiment data yet.
Run the bridge script to sync data from PhD_Notebook:
python scripts/notebook-export.py --only experiments
Data Collection
38% Global progress
1/15 Completed
8 In progress
6 Not started
Biologie
39% In progress Coloration juil. 2026
Colorations Safranine O + alcian bleu en cours sur séries souris
In progress RNAscope / IF sept. 2026
Panels IF en optimisation sur coupes cryostat
In progress Light Sheet août 2026
Acquisition iDISCO+ en cours, traitement VVD pipeline
Not started Analyse LS rat oct. 2026
Dépend de la finalisation du protocole light sheet
Biomécanique
43% Completed Conception système
Système de stimulation ex vivo conçu et validé mécaniquement
In progress Validation juin 2026
Tests de reproductibilité en cours sur spécimens contrôle
In progress Culture ex vivo août 2026
Premières expériences sur synchondroses de souris adultes
Not started Mesures morphocentriques oct. 2026
Attente données LightSheet pour registration
Not started RNA-seq déc. 2026
Prévu en phase finale, dépend culture ex vivo
Données Humaines
34% In progress Acquisition mai 2026
Cohorte principale quasi complète, quelques cas manquants
In progress Contrôle & aplasie post-natal juin 2026
Landmarking en cours sur scanner post-natal
In progress Contrôle & aplasie anté-natal juil. 2026
Echographies 3D à compléter
Not started Validation landmarks août 2026
ICC à calculer après validation de la grille de landmarks
Not started Stats croissance sept. 2026
Modèles mixtes longitudinaux prévus (R/lme4)
Not started Caractérisation patterns fermeture nov. 2026
Analyse séquentielle à partir des données de croissance
Specimens
0 Total
0 Active
0 WT
0 Het
0 Homo
Last sync never
No specimen data yet.
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python scripts/notebook-export.py --only specimens
Analysis Pipelines
1 Total
1 In progress
0 Completed
1 Biology
Last sync never
RNAscope E16.5 — FGF pathway
1/3
RNAscope E16.5 — FGF pathway
Coupes + scan confocal Acquisition
Quantification signal (FIJI) Analysis
Figure 3A — densité signal Figure
Figures
12 Total
3 Finalised
6 Draft
3 To redo
3 Outdated
Article 1 — Biology / Biomechanics
Draft
Outdated
Reconstruction 3D Light Sheet — SBS souris WT vs Fgfr3G380R
Résultats — Biologie
Rendu VVD à finaliser, registration à valider
To redo
Outdated
RNAscope FGFR3 — expression dans zones synchondrales
Résultats — Biologie
Panel à refaire avec nouveau lot de sondes
Draft
Outdated
Taux de prolifération EdU+ par zone — P7/P14/P21
Résultats — Biologie
Comptages ImageJ à finaliser pour P21
Finalised
Système de stimulation ex vivo — schéma et validation
Résultats — Biomécanique
Figure méthode — validée pour soumission
Draft
Réponse biomécanique synchondroses WT vs Fgfr3 — courbes charge/déplacement
Résultats — Biomécanique
Manque n=2 pour compléter la série
Article 2 — Human Data
Draft
Courbes de croissance synchondroses — cohorte normale (0–18 ans)
Résultats — Données Humaines
Modèles mixtes R/lme4 à finaliser
To redo
Atlas morphologique SBS — vues standardisées
Résultats — Données Humaines
Landmarks à revalider après correction du protocole
Draft
Comparaison SBS normale vs achondroplasie — dimensions clés
Résultats — Données Humaines
Scoping Review
To redo
Auto
Diagramme PRISMA flow
Scoping Review
Se met à jour automatiquement avec données Rayyan (EPIC 4.4)
Draft
Evidence map — synchondroses × méthodes × populations
Scoping Review
À construire après extraction complète
Thesis
Finalised
Schéma conceptuel — rôle des synchondroses dans la croissance craniofaciale
Introduction générale
Finalised
Schéma multimodal — stratégie de recherche intégrée
Introduction générale
Data Sharing (FAIR)
2 Datasets
0 Fully FAIR
0 Deposited
2 Not deposited
All backed up
Backups | Type | Dataset | Size | Deposit status | FAIR | Backup |
|---|---|---|---|---|---|
| Imaging | RNAscope E16.5 — FGF pathway Article 1 Déposer sur Zenodo avant soumission article 1. | ~8 GB | F A I R 1/4 | L R C | |
| Imaging | Micro-CT — Cohorte synchondroses Article 1 | ~45 GB | F A I R 1/4 | L R C |
Writing
6% Global writing progress
0/9 Chapters completed
3 Publications planned
Chapters
In progress Introduction générale juin 2026
Not started Matériel & Méthodes — Biologie juil. 2026
Not started Matériel & Méthodes — Biomécanique juil. 2026
In progress Matériel & Méthodes — Données Humaines juil. 2026
Not started Résultats — Biologie sept. 2026
Not started Résultats — Biomécanique sept. 2026
Not started Résultats — Données Humaines oct. 2026
Not started Discussion nov. 2026
Not started Conclusion & perspectives nov. 2026
Publications
Biology and biomechanics of skull base synchondroses in achondroplasia juin 2026
Journal of Craniofacial Surgery Planned
In preparation
Submitted
Under review
Accepted
Published
Human synchondrosis atlas: from fetal life to skeletal maturity sept. 2026
Clinical Anatomy Planned
In preparation
Submitted
Under review
Accepted
Published
Skull base synchondroses in craniofacial development — scoping review
à déterminer Planned
In preparation
Submitted
Under review
Accepted
Published
Milestones
Comité de suivi individuel oct. 2026
Done Comité de suivi individuel oct. 2026
Upcoming Soutenance de thèse (prévue) déc. 2026
Upcoming Defence Checklist
2/8
Defence: 15 décembre 2026 - Inscription en 3e année Admin 1 oct. 2025
- CSI annuel (Comité de Suivi Individuel) Admin 20 janv. 2026
- Comité de suivi de thèse Admin 15 juin 2026
- Choix des pré-rapporteurs Jury 1 juil. 2026
- Composition du jury Jury 15 sept. 2026
- Soumission manuscrit aux pré-rapporteurs Manuscript 1 oct. 2026
- Dépôt manuscrit à l'école doctorale Manuscript 1 nov. 2026
- Soutenance Admin 15 déc. 2026
Modules
Experiments Structured sheets · hypotheses · protocols
→ Writing Chapters · publications · progress
coming soon Scoping Review Rayyan · extraction · synthesis
coming soon Timeline Milestones · deliverables · defence
coming soon